1911年,文澜阁所藏《四库全书》由浙江图书馆接收保管,从此,阁与书分离。1929年,西湖博览会在杭州开幕,文澜阁作为农业馆使用。博览会结束后,成立“浙江省西湖博物馆”,选择文澜阁、王阳明祠、罗汉堂、太乙分青室等为馆址,并在头门建造门楼,正中嵌有“西湖博物馆”匾额。1953年,浙江省立西湖博物馆更名为浙江博物馆,文澜阁一直由其管理使用,并作为博物馆的一部分,对外开放。
经过多次修缮和不遗余力的保护,这座清代皇家藏书楼仍保留了原有建筑的格局及历史风貌。2006年,浙江省博物馆负责对文澜阁进行了1949年以来的第三次大修。依据《中华人民共和国文物保护法》,修缮保存了古代建筑原有的历史信息,还原了文澜阁的历史平面和院落空间。修缮后的文澜阁,通过专题陈列和原状性展示的形式,展现了文澜阁演变的历史过程,恢复了清代皇家藏书楼的历史风貌和江南古典园林的特色。